Застосування криптографічних методів захисту забезпечує вирішення основних завдань інформаційній безпеки . Цього можна досягти шляхом реалізації наступних криптографічних методів захисту як для користувача та службової інформації, так і інформаційних ресурсів в цілому:
- Шифрування всього інформаційного трафіка, що передається через відкриті мережі передачі даних, і окремих повідомлень;
- Криптографічний аутентифікація що встановлюють зв'язок різнорівневих об'єктів (маються на увазі рівні моделі взаємодії відкритих систем);
- Захист несучого дані трафіку засобами імітозащіти (захисту від нав'язування помилкових повідомлень) і електронно-цифрового підпису з метою забезпечення цілісності та достовірності інформації, що передається;
- Шифрування даних , представлених у вигляді файлів або що зберігаються в базі даних;
- Контроль цілісності програмного забезпечення шляхом застосування криптографічно стійких контрольних сум;
- Застосування електронно-цифрового підпису для забезпечення юридичної значимості платіжних документів, застосування затемняють цифрового підпису для забезпечення неотслежіваемості дій клієнта в платіжних системах, заснованих на понятті електронних грошей.

При реалізації більшості з наведених методів криптографічного захисту виникає необхідність обміну деякою інформацією. Наприклад, аутентифікація об'єктів ІТС супроводжується обміном ідентифікує і аутентифікує інформації.