Використання експертних систем для досліджень кріптопротоколов полягає в апробації різних сценаріїв роботи кріптопротокола. В основі застосування даних систем - завдання некоректних станів та вивчення результатів їх обробки кріптопротоколом. Цей підхід дозволяє більш ефективно, ніж у першому випадку, визначати наявність у кріптопротоколе вразливостей, але не доводить безпеку його використання, а також не дає можливості працювати з ним в автоматичних інструментарію для вивчення різних атак на кріптопротоколи. Іншими словами, він дозволяє визначити, чи містить кріптопротокол відому вразливість, але знайти з його допомогою нові уразливості досить складно.

На практиці експертні системи застосовуються спільно з BAN-логікою чи формальними моделями. Так, наприклад, метод, зафіксований в цьому підході, реалізований як частину протокольного аналізатора NRL.