Полученный путем сложения 48-битный вектор поступает на вход S-боксов, основная задача которых заключается в замене 48-битного вектора на 32-битный. Всего в DES используются восемь S-боксов с 6-битными входами и 4-битными выходами. Подстановка в S-боксах осуществляется в соответствии с табл. 1.7: здесь номер строки задается первым и последним входом S-бокса, а номер столбца - средними четырьмя битами входа. Битовое представление числа в ячейке задано входной последовательностью и будет являться выходом S-бокса.