Програмно-апаратна реалізація дозволяє користувачам усунути деякі недоліки програмних засобів захисту інформації і при цьому зберегти їх гідності (за винятком цінового критерію).

Основними функціями, що покладаються на апаратну частина програмно-апаратного комплексу криптографічного захисту інформації , звичайно є генерація ключової інформації і зберігання ключової інформації в пристроях, захищених від несанкціонованого доступу з боку зловмисника. Крім того, за допомогою методик такого типу можна здійснювати аутентифікацію користувачів за допомогою паролів (статичних або динамічно змінних, які можуть зберігатися на різних носіях ключової інформації - смарт-карти, touch-memory тощо) або на основі унікальних для кожного користувача біометричних характеристик. Пристрої зчитування подібних відомостей можуть входити до складу програмно-апаратної реалізації засобів захисту інформації .