Позитивні програмної реалізації можна віднести її гнучкість і переносимість. Іншими словами, програма, написана під одну операційну систему, може бути модифікована під будь-який тип ОС. Крім того, оновити програмне забезпечення можна з меншими тимчасовими і фінансовими витратами. До того ж багато сучасні досягнення в області криптографічних протоколів недоступні для реалізації у вигляді апаратних засобів.

До недоліків програмних засобів криптографічного захисту слід віднести можливість втручання в дію алгоритмів шифрування і отримання доступу до ключової інформації, що зберігається в загальнодоступній пам'яті. Ці операції зазвичай виконуються за допомогою простого набору програмних інструмеітаріев (відладчик програм і т.д.). Так, наприклад, у багатьох операційних системах здійснюється аварійний дамп пам'яті на жорсткий диск, при цьому в пам'яті можуть знаходитися ключі, які знайти не важко.

Таким чином, слабка фізична захищеність програмних засобів є одним з основних недоліків подібних методів реалізації алгоритмів шифрування.

До цього можна додати, що програмна реалізація засобів криптографічного захисту не в змозі забезпечити виконання деяких характеристик, необхідних для надійного використання шифрування. Наприклад, генерація ключової інформації не повинна здійснюватися програмними датчиками випадкових чисел; для цієї мети необхідно використовувати спеціальні апаратні пристрої.