Применение криптографических методов защиты обеспечивает решение основных задач информационной безопасности. Этого можно добиться путем реализации следующих криптографических методов защиты как пользовательской и служебной информации, так и информационных ресурсов в целом:
- шифрование всего информационного трафика, передающегося через открытые сети передачи данных, и отдельных сообщений;
- криптографическая аутентификация устанавливающих связь разноуровневых объектов (имеются в виду уровни модели взаимодействия открытых систем);
- защита несущего данные трафика средствами имитозащиты (защиты от навязывания ложных сообщений) и электронно-цифровой подписи с целью обеспечения целостности и достоверности передаваемой информации;
- шифрование данных, представленных в виде файлов либо хранящихся в базе данных;
- контроль целостности программного обеспечения путем применения криптографически стойких контрольных сумм;
- применение электронно-цифровой подписи для обеспечения юридической значимости платежных документов; применение затемняющей цифровой подписи для обеспечения неотслеживаемости действий клиента в платежных системах, основанных на понятии электронных денег.

При реализации большинства из приведенных методов криптографической защиты возникает необходимость обмена некоторой информацией. Например, аутентификация объектов ИТС сопровождается обменом идентифицирующей и аутентифицирующей информации.