Є ще одна проблема при вживанні алгоритмів даного типу-для правильного розшифрування слід підкорятися вимозі синхронності виконання операцій шифратори на приймальній і передавальної сторони. Існує два методи забезпечення синхронізації роботи шифратори:
- Самосінхронізірующіеся шифратори, в яких черговий символ гами залежить від певної кількості вже утворених символів гами. Основний недолік цього типу шифратори полягає в розростанні помилок при розшифрування, якщо відбулася помилка під час передачі;
- Синхронні шифратори, тобто шифратори, що здійснюють синхронізацію своєї роботи тільки при входженні в зв'язок; подальша робота на приймальній і передавальної сторони здійснюється синхронно. Основним недоліком цього типу є необхідність заново встановлювати зв'язок між шифратори при їх рассінхроіізаціі, хоча вони і не мають властивість розростання помилок.

Поточні алгоритми мають високу швидкість шифрування, однак при програмному використанні виникають певні труднощі, що звужує сферу їх практичного застосування, хоча структура потокових алгоритмів шифрування передбачає ефективну апаратну реалізацію.