Виявлення вразливостей у відомих кріптопротоколах, які до певного моменту вважалися надійними, припускає розробку формальних методів їх аналізу. З існуючих на сьогоднішній день підходів до цього питання можна виділити чотири основних:

- Моделювання та перевірка роботи протоколу. Для цієї мети корисно використовувати спеціалізовані мови і інструментарії, які не створювалися для аналізу кріптопротоколов;

- Створення експертних систем, які розробники кріптопротоколов можуть застосувати для апробації різних сценаріїв функціонування кріптопротокола;

- Моделювання вимог до сімейства кріптопротоколов. При цьому можна вжити логіку, розроблену спеціально для аналізу таких властивостей кріптопротокола, як «знання» і «довіра»;

- Розробка формальних моделей, заснованих на алгебраїчних властивості криптографічних систем.

Кожен з перерахованих підходів не прив'язаний до лежать в основі кріптопротоколов механізмів, а направлений тільки на аналіз логіки роботи протоколу.